W 1874 r. kościół w Trzęsaczu stał nad stromym klifem i zagrażało mu niebezpieczeństwo. Morze nieuchronnie zbliżało się do świątyni. Wiernym przebywającym w kościele stopniowo groziło coraz większe niebezpieczeństwo, dlatego też 2 sierpnia 1874 r. podjęto decyzję o zamknięciu kościoła pw. Świętego Mikołaja, z którego do dziś pozostały znane w Polsce ruiny.
26 sierpnia 1874 r. rozpoczęto budowę nowego kościoła w Trzęsaczu. Budowa trwała nieco ponad 6 lat. 25 grudnia 1880 r. świątynia została poświęcona. Do nowego kościoła trafiło wyposażenie z kościoła pw. Świętego Mikołaja, a należały do niego m.in.:
- kazalnica z 1646 r.,
- dwa dzwony,
- obraz olejny Charlesa Pattisona.
W czasie wojny, w marcu 1945 r. zniszczono wieżę neogotyckiej budowli. Pięć lat później, w 1950 r., gdy władze komunistyczne walczyły z kościołem, świątynia została jeszcze bardziej zniszczona. Wówczas rządzący nie chcieli odbudować kościoła i przez ponad 50 lat w Trzęsaczu znajdowały się ruiny dwóch świątyń: jednej zniszczonej przez morze i drugiej zniszczonej przez człowieka.
Dopiero w 1998 r. kościół przekazano Archidiecezji Szczecińsko – Kamieńskiej, która 4 maja 1998 r. rozpoczęła odbudowę i rekonstrukcję świątyni. Odbudowany neogotycki kościół poświęcono 4 maja 2003 r. pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego.
Obecnie w Kościele w Trzęsaczu znajduje się barokowy ołtarz wykonany przez Joachima Sellina z białego piaskowca, który początkowo znajdował się w kościele Św. Mikołaja, a potem został przeniesiony do Katedry w Kamieniu Pomorskim.
Od 2005 roku w kościele w Trzęsaczu można usłyszeć organy, zbudowane przez Jana Drozdowicza, organmistrza z Poznania.
W kościele od 2010 r. znajdują się trzy dzwony. Każdy z nich ma swoją nazwę i dzwoni o określonej godzinie. Dzwon „Jezu, ufam Tobie” dzwoni o godz. 15.00. Dzwon „Maryja” – dzwoni o 12.00 i 21.00. Dzwon „Święty Józef” – dzwoni codziennie pół godziny przed rozpoczęciem Mszy Świętej. Dzwony dzwonią równocześnie w czasie świąt i innych wyjątkowych sytuacji.
Kościół w Trzęsaczu odwiedza bardzo wielu turystów i mieszkańców. Msze święte odprawiane są tu codziennie, a w czasie wakacji, gdy sprzyja pogoda, odbywają się na świeżym powietrzu.